Chef de service Centre Hospitalier National d’ophtalmologie des Quinze-Vingts depuis 2000. Directeur de l’équipe de recherche S12 au sein de l’Institut de la Vision depuis 2008 et en codirection depuis 2012. Christophe Baudouin est par ailleurs Secrétaire Général de la Société Française d’Ophtalmologie depuis 2012, membre de très prestigieuses sociétés internationales, notamment l’American Society of Ophthalmology dont il a été un des tout premiers membres non américains ou l’Academia Ophthalmologica Internationalis